La forma mas sencilla para insertar iframes con seguridad en JCE Editor sin necesidad del plug-in, es la siguiente:
1. Acceso al panel de control de JCE Editor.
2. Acceso a Configuración General.
3. En «Cleanup & Output», «Yes» para «Validate HTML» .
4. En Perfiles de Editor, entrar en el modelo o modelos que se es estén usando (default, frontend, blogger o mobile).
5. Parámetros de Editor > Advanced.
6. En la caja de texto con el título «Extended Elements», escribir iframe.
Guardar todo.
Como veis, es posible habilitar muchos elementos y codificación a través de esta configuración.
Una vez realizado todo ello, ya es posible introducir iframes a través del editor sin que sea eliminado al abrir sesión u operar de nuevo en el mismo.
Fuente: http://www.joomlaspanish.org/foros/f134/jce-me-quita-los-iframes-89945.html
Alfonso Pimienta (Formación para el docente) 