Suele pasar que al desinstalar un programa este no elimine los servicios que hubiera instalado. MySQL, por ejemplo, tiene esta fea costumbre, con lo que si queremos volver a instalarlo puede lanzarnos un error.
Para eliminar definitivamente un servicio podemos escribir este comando en la consola (Inicio -> Ejecutar -> cmd):
sc delete nombreServicio
o bien borrar la clave correspondiente en la rama HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services usando el editor del registro de Windows (Inicio -> Ejecutar -> regedit).
Esto también es válido para Windows Vista.